南艺美术馆至今已举办了近百场展览与学术活动，比如：奥托·迪克斯、弗朗西斯·培根、乔-彼得·威金、L.S.洛瑞、肖恩·斯库利、井上有一、何多苓、毛焰、周春芽、缪晓春、邱志杰、岳敏君等国内外重要艺术家的个展；以及《AMNUA国际计划》、《复调：中国艺术生态调查》、《AMNUA学院计划》、《AMNUA素描系列》、《德国：艺术之域》、《亚洲视野：国际影像论坛及特别展映》、《新的旧物—德国设计》等大型群展，同时还推出了AMNUA零方案、AMNUA影像档案、AMNUA国际影像论坛等长期研究性项目，持续关注和支持青年艺术家及策展人的成长。 公共教育部门则开展了上百场次的学术讲座、工作坊、跨界沙龙，以及关注社会弱势群体的大型公益活动。

“CROSSING：南京艺术学院美术馆5周年特展”由馆长李小山教授担任艺术总监，馆长助理、学术部主任郑闻任策展人，联合美术馆典藏部与展览部共同策划，展出美术馆近五年来的部分现当代艺术藏品。作者为国内外最杰出的22位当代艺术家，包括：董文胜、弗朗西斯·培根、冯立、管怀宾、谷文达、韩磊、洪磊、贾尼·德西、梁昊鹏、缪晓春、邱志杰、沈勤、汤国、徐龙森、杨明、尹朝阳、岳敏君、张湘溪、张彦峰、周京新、周啸虎、朱伟。作品类型涉及绘画、影像、装置、雕塑各个类型。展示了新世纪开端的二十年，在秩序井然又雄心勃勃的全球艺术工业和文化工业的洪流中，当代艺术经历着交织、撞击与建构的面貌与现状。